Clipperton tient son nom d'un pirate anglais qui y aurait caché un trésor : une prise de galion ?
Plus officiellement, l'atoll est aperçu pour la première fois le Vendredi Saint de 1711 par deux frégates françaises, la Princesse et la Découverte, qui le nomment " Ile de la passion ". En 1858 le lieutenant Le Coat de Kerveguen fait une reconnaissance à terre et en prend possession au nom de la France. En 1897, le bâtiment français Duguay-Trouin , venu en mission, rend compte d'une présence américaine - Imbroglio politique - Les Américains se retirent, relayés par les Mexicains qui y installent quelque temps plus tard une garnison de triste mémoire : " Les oubliés de Clipperton ". En 1931, le roi d'Italie Victor Emmanuel II arbitre définitivement le conflit franco-mexicain en attribuant Clipperton à la France.
Depuis, hormis une présence militaire américaine (1943-44) et française (de 1966 à 1969), Clipperton est abandonné aux pêcheurs sans droits et aux visiteurs clandestins. Les bateaux de la Marine Nationale y passent tous les deux ans pour renouveler les marques de souveraineté.