En quelques décennies, Clipperton a subi de nombreuses dégradations.
La sur-pêche et les débarquements sauvages sont à l'origine de la raréfaction des langoustes, des thons, et des requins. Situé à une latitude où El Nino exerce son influence, le corail est périodiquement touché par les arrivées d'eaux chaudes de ce phénomène climatique. La prolifération des crabes de terre reflète le déséquilibre de l'écosystème terrestre, lié à l'introduction d'espèces comme le porc (exterminé aujourd'hui), et les rats, apportés par les échouages de bateaux. Malgré son isolement au milieu de l'océan, la couronne corallienne est jonchée de matières plastiques qui, paradoxalement, font le bonheur des oiseaux qui les utilisent pour confectionner leurs nids au sol.