Clipperton est un atoll subcirculaire de 12 km de circonférence, 2 km2 de terres émergées, constituées par un étroit anneau corallien fermé qui entoure un lagon moribond, isolé des eaux de l'océan. Le sol est diversement constitué de débris coralliens très abrasifs, de sables, et d'étendues de guano qui s'effondre sous les pas. Couronne presque nue, l'île est en quelques rares endroits recouverte d'une maigre végétation. Un bosquet de cocotiers, appelé le camp Bougainville, et quelques arbres épars, ont jusqu'alors résisté aux tempêtes tropicales. Sur le platier nord-est une piste aérienne a été nivelé par les Américains en 1944. De cette île au ras de l'eau, relativement plate, émerge un rocher à son extrémité SE, une formation volcanique de 29 m très caractéristique de l'île.