Clipperton, situé à 10°N, a un climat océanique tropical. La température de l'air et de l'eau, varie peu tout au long de l'année, entre 26°C et 28°C. L'hiver, de décembre à avril, est considéré comme une saison sèche, sous l'influence des alizés du NE. A partir du mois de mai et pendant tout l'été, les vents s'orientent au SO et peuvent évoluer très rapidement ; les précipitations sur l'atoll sont alors nombreuses et abondantes, parfois violentes. En septembre et octobre, Clipperton peut être touché par les cyclones qui sévissent dans le SE du Pacifique Nord. L'île est dans la zone d'influence du phénomène El Nino, ce courant chaud venant de l'ouest qui provoque, environ tous les 10 ans, de très fortes précipitations et la mort du corail qui laisse à nu le support calcaire : c'est le blanchissement des coraux dû à une température de l'eau trop élevée (31°C).