La vie terrestre sur Clipperton se limiterait à 150 espèces animales et végétales confondues. Les quelques 12 millions de crabes rouges et 30 000 oiseaux de mer constituent l'essentiel de la biomasse terrestre. Pour les oiseaux, Clipperton est un point de nidification unique sur des milliers de km2. Le seul mammifère est le rat, les seuls reptiles des lézards. Par ailleurs, quantité d'insectes (blattes, mouches, papillons,…) et d'autres petites bêtes (mille-pattes, araignées,…) ont été signalés.
La flore est surtout représentée par des espèces pionnières et des herbes folles. Les seuls arbres de Clipperton sont les cocotiers, la majorité étant regroupés au camp Bougainville, et les autres dispersés en bouquets épars. Christian Jost en a recensé 674 en 2001, ce qui semble en augmentation par rapport aux précédentes descriptions.