Clipperton est le seul exemple d'atoll corallien dans le Pacifique Est. Oasis au milieu de l'océan, l'île est un point de convergence d'espèces marines migratrices (thons requins, dauphins, cétacés, tortues). La faune inféodée au récif corallien et aux pentes abruptes de cet ancien volcan, est formée d'un panachage très particulier d'espèces d'origine indopacifique et américaine, témoins de la répartition de la biodiversité sur l'ensemble du Pacifique.
L'abondance des populations de poissons, des crustacés (langoustes) et des mollusques, contraste avec la faible biodiversité du site. Par contre, la diversité des organismes marins océanique est très importante par comparaison à celle de la partie terrestre et du lagon.